协会的组织架构设有：秘书处、办公室、食品质量与安全处、专家组。协会还建有党支部、监事会、通讯员队伍、劳动争议调解委员会、食品文化研究室，会计电算化、网站、QQ群、微信群、简报等，运行规范门类齐全。

协会活动丰富活跃，细分行业研讨会、主题培训班、各类考察学习、简报、年会等；认真完成政府委托的各项任务：端午裹粽大赛、企业诚信体系建设、黄酒品酒师职业技能竞赛、食品行业调研等服务于企业；积极发挥政府与企业之间的纽带桥梁作用，推动嘉兴食品行业健康发展。协会工作也得到社会和企业的认可：嘉兴市领导多次对协会简报进行批示，对协会工作进行指示。经过严格的考核，2012年被评为最高等级的“AAAAA” 级社会组织；2017年又通过复审继续保持“AAAAA”级社会组织荣誉称号；曾被嘉兴市委、市政府授予“嘉兴市优秀社会组织”称号，并在市三级干部大会上受到表彰；协会多次获得全市行业协会（商会）工作评价一等奖；协会党支部也多次被评为先进基层党组织。